Синод РПЦ лишил сана епископа Флавиана. Священника обвиняли в нравственном падении и получении денежных средств от прихожан путем обмана.
В начале февраля 2020 года сотрудники отдела по борьбе с незаконным наркооборотом ФСБ провели обыски в квартире Флавиана в Санкт-Петербурге, где постоянно проживал 22-летний мужчина по имени Каин Монтанелли. В марте стало известно, что епископ Флавиан попросил отправить его на покой по состоянию здоровья.
25 августа 2020 года Священный синод освободил его от управления Череповецкой епархией, определив ему местом пребывания Павло-Обнорский монастырь Вологодской епархии под наблюдением и духовным попечением Преосвященного Вологодского. Священный синод постановил передать дело епископа Флавиана на рассмотрение в Высший общецерковный суд.
8 декабря 2020 Священным синодом РПЦ Флавиан запрещён в священнослужении "без права ношения панагии, архиерейских одежд и мантии, а также использования любых других знаков архиерейского достоинства, вплоть до вынесения Высшим Общецерковным Судом определения по его делу". "Епископа Флавиана запретили в священнослужении из-за нарушения предыдущих постановлений Синода. Даты проведения церковного суда над ним пока неизвестны", — заявил заместитель управляющего делами Московской патриархии епископ Савва (Тутунов).
По информации из статьи в Википедии, посвященной опальному служителю церкви, 15 декабря 2020 года был опубликован материал на основе интервью, данного радиостанции епископом, из которого следовало, что 2 декабря в его квартире опять прошёл обыск, священник был задержан; арестованный подельник Каина Монтанелли, ранее занимавшегося эскорт-услугами (интимный характер отношений с Монтанелли Митрофанов отрицал), обвинил его в финансировании изготовления наркотиков для сбыта; в ходе следствия оперативник ФСБ потребовал от него сотрудничества; отказавшись от сотрудничества "с организацией, у которой руки по локоть в крови русских священников и русских людей", он бежал из России в Лондон.